Les grandes orgues de l'église de Courtion ont été construites entièrement neuves par la manufacture Ayer-Morel de Vauderens en 1990.

Ce nouvel orgue est d'abord destiné à l'accompagnement liturgique. Il permet aussi l'interprétation d'un vaste répertoire. Il est composé de 21 jeux répartis sur 2 claviers et un pédalier. La traction des notes et des jeux est entièrement mécanique.

Une assistance électro-pneumatique moderne permet la mémorisation de 178 combinaisons de jeu différentes. Le buffet est en bois de chêne pour la partie en avant; le buffet arrière contenant la pédale et la boîte expressive est en sapin.

Les organistes sont: Klaus Slongo et André Crausaz tous deux de Misery.